:دانلود فایل متن کامل پایان نامه در سایت sabzfile.com

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

دانشکده شیلات و محیط زیست

 

پایان نامه جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد در رشته

شیلات، گرایش بوم شناسی آبزیان شیلاتی

 

 

مطالعه تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزریAlosa braschnikowi broodine,1904– در سواحل جنوبی دریای خزر با بهره گیری از نشانگر ریزماهواره

 

 

استاد راهنما:

دکتر علی شعبانی

 

استاد مشاور:

دکتر حامد کلنگی میاندره

 

 

تابستان1393

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی گردد

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود می باشد)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن می باشد هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود اما در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل می باشد)

چکیده

شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi) یکی از گونه­های بومی ماهیان استخوانی حاضر در دریای خزر می­باشد که از فراوانی و پراکنش نسبتا بالایی برخوردار می باشد و در سطوح پایین هرم اکولوژیک قرار­دارد. علی­رغم اهمیت اکولوژیکی بالای شگ­ماهیان، هیچ­گونه اطلاعاتی از ژنتیک جمعیت اعضای جنس Alosa در دریای خزر وجود ندارد. پس پژوهش حاضر با هدف مطالعه تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری (A. braschnikowi) با استفادهاز شش جفت نشانگر ریزماهواره (AsaD030، AsaD042، AsaC051، AsaC059، AsaD312 و AsaD392) در سواحل جنوبی دریای خزر صورت­پذیرفت. جهت انجام این پژوهش تعداد 140 عدد ماهی از گونه مورد نظر در پنج منطقه انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری با بهره گیری از صید پره نمونه برداری گردید (هر منطقه 28 عدد) و استخراج DNA با­بهره گیری از بافت باله دمی صورت گرفت. تمامی جایگاه­های ژنی مورد بهره گیری در این مطالعه به خوبی حالت پلی مورفیسمینشان دادند. نتایج حاصل از مطالعه تنوع ژنتیکی این ماهی نشان داد که اندازه متوسط هتروزیگوسیتی نظاره شده 568/0 بود که مقدار متوسط آن در مناطق انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری به ترتیب 524/0، 518/0، 637/0، 500/0 و 661/0 به­دست آمد. شاخص غنای آللی برای مناطق مورد مطالعه 63/12 به­دست آمد. مطالعه تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت­ها اندازه انحراف بالایی را از تعادل در سطح جایگاه­ها نشان داد و از بین 30 حالت ممکن (شش جایگاه × پنج جمعیت)، 29 حالت از تعادل خارج بودند و انحراف معنی­داری نشان دادند. (05/0P<). میانگین جریان ژنی و ضریب درون آمیزی محاسبه شده بین مناطق به ترتیب 31/9 و 349/0 بود. نتایج حاصل از واکاوی واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون مناطق را بالا (96%) و اندازه فرق بین مناطق را نسبتا پایین (4%) نشان داد اما شاخص Rst توانست تنوع ژنتیکی بالاتری را بین مناطق (40 درصد) نمایش دهد. نتایج به­دست­آمده در این مطالعه نشان­دهنده غنای آللی نسبتاً مناسب این گونه بوده اما احتمال در تنگنا قرار­گرفتن در آینده به‌خاطر ویژگی گله­ای بودن آن هست. به­نظر می­رسد احیای زیستگاه­ها و جلوگیری از صید ناخواسته بی­رویه این گونه می­تواند در بالا نگه­داشتن اندازه جمعیت مؤثر آن مفید واقع گردد.

 

واژگان کلیدی: آلل،تنوع ژنتیکی، دریای خزر، ژنتیک جمعیت، نشانگر ریزماهواره، Alosa braschnikowi

 

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

1- مقدمه. 2

1-1- کلیات… 2

2-1- رده‌بندی.. 2

3-1- خصوصیات کلیدی.. 3

4-1- پراکنش و تخمریزی.. 3

5-1- زیستگاه 3

6-1- سن و رشد. 3

7-1- غذا 4

8-1- ذخیره 4

9-1- مطالعه فرا جمعیت­ها 5

10-1- تنوع ژنتیکی و کمی کردن آن. 6

11-1- عوامل مؤثر بر تنوع ژنتیکی.. 6

1-11-1- رانش ژنتیکی.. 7

2-11-1- گردنه بطری.. 7

3-11-1- انتخاب طبیعی.. 8

4-11-1- روش تولید مثل.. 8

12-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی.. 8

1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی.. 9

2-12-1- نشانگرهای پروتئینی.. 9

3-12-1- نشانگرهای مولکولی DNA و RNA.. 10

13-1- سنجش فراوانی آللی.. 13

14-1- تغییر فراوانی آللی.. 14

15-1- موازنه هاردی- واینبرگ و علت های انحراف از آن. 14

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

16-1- آماره F. 16

17-1- فاصله ژنتیکی (Nei, 1978) 17

18-1- ضرورت پژوهش.. 18

19-1- اهداف… 19

20-1- فرضیه­ها 20

1-2- مروری بر مطالعات انجام شده در داخل کشور. 22

2-2- مروری بر مطالعات انجام شده در خارج از کشور. 24

3- مواد و روش­ها 30

1-3- نمونه‌برداری.. 30

2-3- استخراج DNA.. 31

3-3- چگونگی استخراج DNA.. 33

4-3- مراحل استخراج DNA.. 33

5-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 34

6-3- ارزیابی کیفیت DNA با بهره گیری از الکتروفورز افقی ژل آگارز یک درصد. 36

7-3- واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 37

1-7-3- انجام واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) 37

8-3- بهینه‌سازی PCR.. 38

9-3- الکتروفورز محصول PCR، با بهره گیری از ژل پلی آکریل آمید 6%. 38

10-3- روش تهیه ژل آکریل آمید. 39

11-3- رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با روش نیترات نقره 40

12-3- ثبت تصاویر. 40

13-3- واکاوی آماری.. 41

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

4- نتایج.. 44

1-4- نتایج حاصل از مطالعه کیفیت و کمیت DNA استخراجی از شگ­ماهی براشنیکوی در مطالعه حاضر  44

2-4- نتایج حاصل از واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 45

3-4- فراوانی و تعداد آلل­ها 47

4-4- تعداد آلل­های واقعی (Na) و مؤثر (Ne) 50

5-4- تنوع ژنتیکی.. 51

6-4- شاخص شانون. 52

7-4- تعادل هاردی- واینبرگ… 53

8-4- نتایج آزمون واریانس مولکولی (AMOVA) 54

9-4- شباهت و فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (Nei Index) 56

5- بحث… 60

1-5- مطالعات تعداد نمونه، روش استخراج DNA و انتخاب نشانگرها 60

2-5- مطالعات تنوع ژنتیکی.. 61

3-5- مطالعات مربوط به تعادل هاردی- واینبرگ… 65

این مطلب رو هم توصیه می کنم بخونین:   رساله دکترا:ارزیابی تغییرات میزان پروتئین های فاز حاد، واسطه های التهابی و آنتی اکسیدانهای آنزیمی در ماکیان بومی، در پی آلودگی تجربی به سالمونلا تیفی موریوم

4-5- مطالعات مربوط به فرق جمعیتی.. 67

5-5- مطالعات مربوط به شباهت و فاصله ژنتیکی.. 68

6-5- نتیجه‌گیری کلی.. 69

7-5- پیشنهادات اجرایی.. 69

8-5- پیشنهادات پژوهشی.. 70

فهرست منابع. 72

 

 


فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

 

جدول 1-4- جایگاه‌های ژنی مورد بهره گیری در این مطالعه و خصوصیات آن­ها 45

جدول 2-4- نتایج حاصل از ظرفیت اطلاعات چند شکلی (PIC) نشانگرهای مورد بهره گیری در مطالعه حاضر  45

جدول 3-4- تعداد و وزن آلل­های به­دست آمده بر حسب bp در سطح شش جایگاه ژنی مورد بهره گیری در این مطالعه  48

جدول 4-4- فراوانی آللی نظاره شده در سطح جایگاه­های ژنی مورد مطالعه در این پژوهش.. 49

جدول 5-4- تعداد آلل­های واقعی (Na) و مؤثر (Ne) در سطح جایگاه­های ژنی مورد مطالعه در پنج منطقه پراکنش شگماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) 50

جدول 6-4- مقادیر هتروزیگوسیتی نظاره شده (Ho) و مورد انتظار (He) جمعیت­های مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­های ژنی مورد مطالعه.. 51

جدول 7-4- میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی نظاره شده و مورد انتظار ±خطای استاندار در مناطق مورد مطالعه از ماهی A. braschnikowi 52

جدول 8-4- مقادیر محاسبه شده شاخص شانون برای مناطق مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­ها 52

جدول 9-4-مقادیر محاسبه شده در مطالعه تعادل هاردی- واینبرگ در مناطق مورد مطالعه در شش جایگاه ژنی   53

جدول 10-4- واکاوی واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Fst 54

جدول 11-4- واکاوی واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Rst 54

جدول 12-4- مقادیر Fst محاسبه شده بین مناطق بر اساس واکاوی واریانس مولکولی.. 55

جدول 13-4- مقادیر Rst محاسبه شده بین مناطق بر اساس واکاوی واریانس مولکولی.. 55

جدول 14-4- مقادیر به­دستآمده از ضرایب فرق (Fst) و درونآمیزی (Fis) در سطح جایگاه‌های ژنی مختلف در مطالعه حاضر  55

 

فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

 

جدول 15-4- مقادیـر جریـان ژنـی (Nm) مشـاهده شـده بین مناطـق مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi 56

جدول 16-4- ماتریکس فاصله و شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (نئی، 1972) 56

جدول 17-4- اختصار­ای از نتایج تخصیص جمعیت­ها به خود و دیگر مناطق.. 57



جستجو در سایت :   


فهرست شکل‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

شکل 1-3- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر  30

شکل 2-3- تصویر بیوفتومتر مورد بهره گیری در مطالعه حاضر. 35

شکل 3-3- تصویر دستگاه الکتروفورز افقی.. 37

شکل 4-3- تصویری از دستگاه الکتروفورز عمودی مورد بهره گیری در مطالعه حاضر. 39

شکل 5-3- تصویری از دستگاه مستند ساز ژل. 41

شکل 1-4- تصویری از ژل آگارز یک درصد و باندهای تشکیل شده از DNA بر روی آن. 44

شکل 2-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014998 بر روی ژل اکریل آمید  در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 3-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015000 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 4-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014992 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 5-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014993 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 6-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014999 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 7-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015004 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 8-4- نمودار گرافیکی جدایی مناطق مورد مطالعه در مطالعه حاضر. 57

شکل 9-4- دندروگرام UPGMA نمونه­های جمع­آوری شده شگ­ماهی براشنیکووی از نواحی گوناگون بر اساس معیار شباهت ژنتیکی (نئی، 1978) 58


 

مقدمه

1-1- کلیات

دریای خزر باقیمانده دریای تتیس، به عنوان بزرگترین دریاچه جهان تعداد زیادی از گونه­های آبزی را در خود جای داده می باشد و حفظ این گونه­ها به پایداری این اکوسیستم کمک شایانی می­نماید. تنوع ژنتیکی به عنوان یکی از سه سطح تنوع زیستی، به­عنوان پایه­ای و کلیدی­ترین بخش در سلسله مراتب تنوع تأثیر اعمال می­کند. یکی از خانواده­های مهم ماهیان در دریای خزر، خانوده شگ ماهیان (Clupeidae) می باشد که به فراوانی در سرتاسر دریای خزر پراکنش یافته می باشد (پاتیمار و همکاران، 2013). این خانواده در دریای خزر شامل دو جنس بوده که از جنس­های معروف آن می­توان به جنس Alosa با بیشتر از چهار گونه در آب­های دریای خزر تصریح نمود (عبدلی و نادری، 2008). شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi Borodin, 1904) مانند ماهیان استخوانی حاضر در این دریاست که از تراکم و پراکنش نسبتاً مناسبی برخوردار می باشد و بومی این دریا محسوب می­گردد و معمولاً در صیدهای پره به عنوان صید ضمنی نظاره می­گردد اما در خارج از فصل صید پره با بهره گیری از تورهای گوشگیر نیز صید می­گردد. شگ­ماهیان بطور عمده پلانکتون‌خوار بوده و تأثیر مهمی را در هرم اکولوژیک اکوسیستم دریای خزر به عنوان بزرگترین دریاچه جهان بازی می­کند (عبدلی و نادری، 2008).

تعداد صفحه : 103

قیمت : 14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می گردد.

پشتیبانی سایت :        ****       serderehi@gmail.com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

***  **** ***